По словам исследователей в комплексном центре рака Джорджтауна Ломбарди, ценные биомедицинские данные о раке мозга стали доступными для исследователей во всем мире. Набор данных, REMBRANDT (Репозиторий для молекулярной BRAin Neoplasia DaTa), который был организован и поддержан Джорджтауном, является одним из двух таких крупных наборов в стране.

Информация о сборе данных о раке мозга, в которой содержится информация о 671 взрослом пациенте, собранном из 14 вспомогательных учреждений, подробно изложена в Scientific Data, журнале открытого доступа (Nature). Уже тысячи исследователей в США и на международном уровне ежедневно регистрируются на сайте данных, а слово об этом ресурсе, как ожидается, увеличит его использование, говорит Суха Мадхаван, доктор философии, главный научный сотрудник в Медицинском центре Джорджтаунского университета и директор Инновационного центра биомедицинской информатики (ICBI) в Джорджтауне Ломбарди.

Для получения информации о том, как проводят лечение рака мозга в Израиле лучшие специалисты страны, оставьте заявку и мы свяжемся с Вами в ближайшее время.

Ресурс данных Джорджтаун уникален. Он содержит геномную информацию, собранную у добровольцев, которые позволили брать их опухоли и проводить диагностику (включая сканирование мозга), собирать данные лечения и результаты. Большинство коллекций содержат либо одно, либо другое.

Кроме того, интерфейс сбора данных необычайно прост в использовании, говорит Мадхаван.

«Он находится на веб-сервисах Amazon и имеет простой доступ к веб-интерфейсу для инструментов анализа данных и анализа. Все, что требуется исследователю, - это компьютер и интернет-соединение для входа в этот интерфейс, чтобы выбирать, фильтровать, анализировать и визуализировать наборы данных об опухоли мозга.

«Мы хотим, чтобы эти данные широко использовались самой широкой аудиторией - всем биомедицинским исследовательским сообществом, - чтобы максимизировать воображение и открытие», - говорит первый автор статьи по доктору Юрию Гусеву, доценту и преподавателю ICBI. «Наша общая цель состоит в том, чтобы разделить ключи, скрытые в этой биомедицинской и клинической информации, чтобы найти способы, которые способствуют диагностическим и клиническим результатам для этих пациентов».

«Мы только начинаем понимать науку о том, как развиваются этот рак и как лучше его лечить, и такие данные, как это, вероятно, будут очень полезными», - говорит Мадхаван.

Набор данных REMBRANDT был первоначально создан в Национальном институте рака и профинансирован по инициативе молекулярной диагностики Glioma под руководством соавторов Говарда Фана, доктора медицины из Нью-йоркской пресвитерианской больницы, и Жан-Клода Зенклусена, доктора философии, из Национального института рака. Они собрали данные за период с 2004 по 2006 год.

NCI передал данные в Джорджтаун в 2015 году и теперь физически находится в базе данных Джорджтауна Рака (G-DOC), платформе для интеграции и обмена раковыми данными для размещения наряду с другими исследованиями рака. Исследователи G-DOC во главе с Мадхаваном разработали новые аналитические инструменты для обработки информации заново.

Геномные данные включают специфические гены в отдельных опухолях, которые либо чрезмерно выражены, либо недостаточно выражены, а также количество повторений этого гена в хромосоме.

«Мы наследуем две копии гена-одного от мамы и одну от папы, но в раковых клетках фрагменты ДНК, содержащие важный супрессор опухоли или онкогены, могут быть полностью удалены или усилены. Необычно видеть хромосому в пределах опухоли, которая имеет 11 копий гена, каждый из которых может продуцировать токсический белок, который помогает раку расти», - говорит она.

Сбор данных также включает информацию о РНК, которая продуцируется генами (ДНК), и может быть измерена для оценки разлагаемых генов.

Мадхаван говорит, что исследователи могут искать свой ген интереса, проверять их выражение и состояние усиления и связывать его с клиническими результатами. Они могут сохранить свои результаты в своей рабочей области на сайте G-DOC и поделиться со своими сотрудниками. Учитывая, что приблизительно 20 000 генов, кодирующих белок в геноме человека, и различные типы опухолей рака мозга, «это займет большую деревню - действительно обширную зону метрополитена - исследователей, чтобы понять основы этих опухолей и эффективно разработать методы лечения, которые нацелиться на них».

REMBRANDT включает геномные данные из 261 образцов глиобластомы, 170 астроцитомы, 86 тканей олигодендроглиомы и числа, которые являются смешанными или неизвестного подкласса. Исходные данные включают более 13 000 точек данных.

Источник: https://medicalxpress.com/news/2018-08-large-brain-cancer-easily-freely.html

Дата публикации: 
среда, августа 15, 2018